La Cattedrale dedicata a San Tommaso apostolo fu costruita sul sito di un antico tempio romano.
Distrutta dai Normanni nel 1060, fu ricostruita.
Dopo che un terremoto ne aveva provocato una seconda distruzione, che in quel periodo aveva interessato le regioni meridionali della penisola italica, venne nuovamente ricostruita e riaperta al pubblico il 10 novembre 1127 e dedicata a Santa Maria degli Angeli, come risulta dall’epigrafe conservata nell’annesso museo diocesano.
Dal 6 settembre 1258 custodisce le Ossa di san Tommaso apostolo. Il navarca ortonese, il pio Leone, insieme con i commilitoni, riportò sulla galea il corpo dell’Apostolo e la pietra tombale, dall’isola greca di Chios. Chios rappresentava uno spazio del secondo fronte di guerra, dove la flotta ortonese composta da tre galee, si era recato a combattere, al seguito dell’ammiraglio di Manfredi, Filippo Chinardo. Da quella data la basilica diventa centro di preghiera, richiamo di pellegrini, ma anche oggetto di varie distruzioni.